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1835年11月4日，美国医生伯驾在广州十三行创建眼科医局。1856年眼科医局毁于战火。1859年1月在广州增沙重建，并正式命名“博济医院（局）”。1865年迁往仁济大街建立新院。1866年博济医学院在博济医院内设立。1886年孙中山以“逸仙”之名在此学医并从事革命运动。1930年7月23日医院管理权正式移交岭南大学校董会，并更名为中山纪念博济医院。1935年至1985年先后历经五次更名。1993年被评定为国家三级甲等医院。2001年10月更名为中山大学附属第二医院。2010年3月30日更名为中山大学孙逸仙纪念医院。2011年，成为国家级临床药师培训基地。2014年，成为首批国家级住院医师规范化培训基地。2018年12月4日，被国家卫生健康委员会公布为肿瘤多学科诊疗试点医院。2024年11月1日，花都院区将投入使用；12月18日，花都院区启用仪式在花都区镜湖大道11号举行。

截至2025年6月，医院共有四个院区，一个门诊部；现有职工逾5400人；编制床位3000余张，拥有7个国家重点学科；17个国家临床重点专科；26个广东省临床重点专科。海珠湾院区占地7.3万㎡。

1835年11月4日，美国医生伯驾在在广州十三行外国商馆区的新豆栏街丰泰行7号创建的眼科医局，成为中国最早的西医医院。开业时医局设有候诊室、诊室、配药室、留医室。开业首日无人就诊；第二日，一患眼疾妇人就诊；第三日6人。

1856年，第二次鸦片战争爆发，英法联军炮轰广州，眼科医局毁于战火。1859年1月，传教士嘉约翰在广州增沙重建，并正式命名“博济医院（局）”，1865年迁往仁济大街建立新院。

1866年，博济医院已具相当规模，因急需人才，院长嘉约翰正式创办博济医学班，开始系统的医学训练。同年，孙中山经好友介绍，以“逸仙”之名，入读博济医学班。从此，其革命生涯也就与医界结下了不解之缘，而博济医院成为了中国民主革命的策源地。

1936年7月，博济医院与夏葛医学院等院校合并，组成孙逸仙博士纪念学院，同时作为岭南大学的医学院。

1957年，博济医院成为中山医学院第二附属医院。

1985年，改为中山医科大学第二附属医院。同年11月21日，经国务院卫生部批准，更名为中山医科大学孙逸仙纪念医院。

2001年10月26日，中山大学与中山医科大学合并，医院命名为中山大学附属第二医院（孙逸仙纪念医院）。

2010年3月30日，经卫生部、中央机构编制委员会办公室批准，医院恢复使用“孙逸仙纪念医院”名称，正式更名为“中山大学孙逸仙纪念医院”。

2022年1月，中山大学孙逸仙纪念医院日间诊疗服务中心揭牌并正式投入临床使用。

2023年2月20日，入选为粤港澳大湾区“港澳药械通”第二批指定医疗机构名单。

2023年3月，中山大学孙逸仙纪念医院医学教育基金会在广州揭牌成立。5月18日，中山大学孙逸仙纪念医院深汕中心医院举行国家区域医疗中心建设单位揭牌。

2023年9月7日消息，据“西门子医疗”公众号介绍，近日中山大学孙逸仙纪念医院成功实施了全国首例可视化皮瓣移植术，通过元宇宙技术实现。

2024年11月1日，中山大学孙逸仙纪念医院花都院区将投入使用。

2024年12月18日，中山大学孙逸仙纪念医院花都院区启用仪式在花都区镜湖大道11号举行。

2025年4月，入选为广东省省级首批提供免陪照护服务试点医疗机构。

2025年11月消息，中山大学孙逸仙纪念医院新院区，预计2028年上半年完成基建工作。

硬件设施

截至2025年2月，医院共有四个院区，一个门诊部，包括：北院区、南院区、花都院区、深汕院区（深汕中心医院）及南校园门诊部。海珠湾院区正在建设中。医院编制床位3000余张，年总诊疗量逾302万人次，年手术例数逾10万，年出院病人逾12万人次。

医护团队

截至2025年2月，医院有职工逾5500人，其中: 中国科学院院士1人，973首席科学家1人，国家杰青6人，国家优青10人，国家级海外引进人才8人。正高职称246人，副高职称421人。在职博士生导师149人，硕士生导师369人；现有国家级学会、协会正副主委83人次，省级学会/协会主任委员55位。

主要科室

截至2025年2月，医院内分泌科、口腔颌面外科、地方病科（儿科血液）、普通外科、泌尿外科、急诊医学科、肿瘤科、妇科、骨科、心血管内科、耳鼻咽喉科、神经内科、器官移植科、医学影像科、康复医学科、儿科、皮肤科共17个专科为国家临床重点专科；肿瘤科、心血管内科、呼吸内科、内分泌科、消化内科、肾内科、泌尿外科、普通外科、骨科、妇科、产科、儿科、口腔科、耳鼻喉科、神经内科、康复科、急诊科、重症医学科、麻醉科、皮肤科、医学影像科、心血管外科、器官移植科、老年病科、眼科、病理科等26个专科为广东省临床重点专科。

截至2025年2月，医院入选广东省高水平医院第二批重点建设医院、国家肿瘤学疑难疾病诊治能力提升工程项目，同时具备心、肺、肝、肾四个大器官移植资质，成立了精准肿瘤治疗中心、多学科协作诊疗会诊中心（含MDT会诊中心、疑难病会诊中心、远程会诊中心）等。

临床专科

内科

呼吸与危重症医学科、心血管内科、内分泌内科、消化内科、血液内科、肾内科、风湿免疫科。

外科

普通外科、肝胆外科、胆胰外科、胃肠外科、甲状腺外科、泌尿外科、心血管外科、胸外科、骨外科、神经外科、整形外科、小儿外科。

乳腺肿瘤中心

乳腺外科、乳腺内科、乳腺诊断专科、乳腺整形专科、乳腺放疗专科、树华乳腺癌研究中心。

妇产科

妇科肿瘤专科、普通妇科专科、妇科生殖内分泌专科、围产专科。

儿科

儿科血液专科、儿科神经内分泌专科、新生儿及儿童重症专科、儿科呼吸专科、儿科风湿免疫专科、儿科心血管专科、儿科肿瘤专科。

肿瘤科

肿瘤内科、肿瘤科放疗专科。

神经科

神经科。

耳鼻喉科

耳鼻喉科。

眼科

眼科。

口腔科

口腔科

皮肤科

皮肤科。

急诊科

急诊科。

重症医学科

重症医学科。

康复医学科

康复医学科。

中医科

中医科。

全科医学科

全科医学科一科。

麻醉科

麻醉科。

医技科室

放射科影像专科、超声科、放射科介入专科、检验科、健康管理中心、病理科、药学部、输血科、核医学科、临床营养科、细胞分子诊断中心、消毒供应中心、生物治疗技术中心、基础与转化医学研究中心、医工融合中心、门诊办。

人才培养

截至2025年2月，医院拥有内科学（肾病、内分泌与代谢病）、外科学（普外）、神经病学、肿瘤学、耳鼻咽喉学、眼科学7个国家重点学科。

截至2025年2月，医院每年承担着1000余名全日制本科生、850余名全日制研究生和500余名进修生的管理及培养任务，是全国首批较大规模（100人/年）开办八年制临床医学博士教育的五所院校的重要组成部分之一。曾获“全国百篇优秀博士论文”。此外，医院在中山大学医科系统最早开展师资队伍规范化教学培训，1990年，医院在原中山医科大学带领下开展住院医师规范化培训工作。2011年获批为国家级临床药师培训基地，2014年获批为首批国家级住院医师规范化培训基地。医院每年均获得多项各级各类教学竞赛奖项，近年医院多次选派教师任中山大学代表队教官，连续多年带队获得全国临床技能大赛特等奖。

所获荣誉

截至2025年2月，医院先后获“全国医药卫生系统先进集体”、“全国百姓放心示范医院”、“全国医保管理先进单位”、“广东省百家文明医院”、“广东省白求恩式先进集体”、“广东省抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“广东省先进基层党组织”、广东省及广州市“抗击非典模范集体”、中国教科文卫体工会“抗震救灾重建家园工人先锋号”、“广州市最受欢迎三甲医院”等称号。

2004年5月，获广州市2003年无偿献血先进集体。

2020年10月，被中共广东省委、广东省人民政府评为：广东省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2023年3月，中山大学孙逸仙纪念医院逸仙乳腺肿瘤医院入选广东省2023年全国五一巾帼标兵岗推荐名单。

2024年6月28日，获2024年度健康科普卓越传播奖。

医院屡创祖国西医史上多个第一，如：第一例眼疾手术、卵巢切除术、膀胱取石术、乙醚麻醉术、病理解剖术，第一张X光片，第一本中国医学杂志，第一间西医学堂，第一位中国医学留学生等。自2019年重获移植资质以来，中山大学孙逸仙纪念医院共开展肝脏移植手术155例。

截至2025年2月，医院是中山大学“临床医学”世界一流学科的重要组成部分。拥有“长非编码RNA与重大疾病”国家级示范型国际合作基地，国家重大新药创制专项“靶向肿瘤及其微环境创新药物临床研究评价技术平台”，并被纳入国家疑难疾病诊治能力提升工程、国家健康医疗大数据分级协同诊疗创新体系建设、“广东高水平医院”重点建设医院，同时拥有广东省恶性肿瘤表观遗传与基因调控重点实验室等省部、厅局级平台28个。医院瞄准临床科学问题，围绕疾病发生发展机制及防诊治技术规范突破，开展基础、应用基础、转化医学的全链条研究，在肿瘤微环境、RNA医学方面的研究处于国际领跑地位，在干细胞、免疫细胞方面的临床研究位居国内前列。医院承担各级研究任务的能力突出，年度科研经费逾2.2亿元，项目数和资助额度稳居广东省三甲医院前列，已获批的标志性项目有973计划、863计划、国家重点研发计划、国家自然创新研究群体、国家自然重大项目等。研究成果发表在国际著名学术期刊，如《Cell》、《J Clin Immunol》、《Nat Commun》、《Adv Funct Mater》、《Cell Res》、《Cancer Res》、《 Hepatology》等，成果曾入选“2003年度世界十大科技突破”、教育部2008年和2018年“中国高等学校十大科技进展”，并获国家自然科学二等奖等一批科技成果奖。

2025年1月，中山大学孙逸仙纪念医院心血管内科团队顺利为李先生实施中国内地首例经导管三尖瓣缘对缘修复术。

2025年3月，中山大学孙逸仙纪念医院脊柱外科成功为一例全球未见报道的“不可复性寰枢椎脱位合并右侧椎动脉缺如”患者开展了后路寰枢椎侧块关节截骨矫形复位手术，标志着我国在上颈椎畸形矫形领域实现重大突破。

孙中山先生曾以“逸仙”之名在此学医并从事革命运动。全国著名的医学家、医学教育家如林树模、陈耀真、谢志光、钟世藩、秦光煜、陈心陶、周寿恺、毛文书、陈国桢等曾在医院任职。