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2018年12月4日，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。

2021年8月，复旦大学附属儿科医院急诊护理组被评选为第20届全国青年文明号。

医院开放床位689张，配备30mA美国（匹克）X线机、常规摄片机、400mA国产X线机、原东德D-350 X线机、原东德D-1500mA正侧位双向心血管造影X线机、心血管造影X线机、东芝2000mA双向轴位X线造影机、东芝500mA遥控透视点片装置、日本岛津X线机、GE螺旋CT机、64排GE VCT机、Siemens Avanto 1.5T MR机、全自动生化仪(日立7180型)、特定蛋白分析仪、罗氏免疫发光分析仪、时间分辨免疫分析仪、全自动血气分析仪(丹麦雷度公司ABL715型)、全自动电泳仪(法国西比亚公司)、微量元素分析仪、尿沉渣分析仪（日本sysmex公司UF-100i）、糖化血红蛋白仪（美国BIO-RAD公司D-10型）、全自动血栓与止血分析仪（法国stago公司）、血栓弹力图检测仪、全自动血细胞分析仪(日本sysmex公司产XS-800i型)、拜耳公司产（泰利特500型）尿液分析仪、血沉分析仪等等医疗设备。

1952年4月17日，经华东军政委卫生部批准，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并建成上海第一医学院儿科学院，并于1955年6月1日更名为上海第一医学院附属儿科医院，后随上海第一医学院更名而更名为上海医科大学附属儿科医院。当初以位于肇嘉浜路西门妇孺医院分院（妇产科医院）为院址，首任院长陈翠贞教授。1953年在枫林桥新建一所崭新的儿科医院，并于1954年7月迁入使用。

2022年7月7日起，复旦大学附属儿科医院开设夜门诊，复旦儿科开设夜门诊的科室有：普外科、普内科、血液科、神经内科、风湿科、泌尿外科、中医科、心理科、心内科、内分泌遗传代谢科，夜门诊挂号时间为16:30——20:30。

2023年5月30日，上海永达公益基金会向复旦大学附属儿科医院捐赠600万元，发起“川崎病”儿童医疗救助项目。

2024年4月10日，复旦大学附属儿科医院新生儿诊疗中心正式启用，除为各类新生患儿提供一站式诊疗服务外，还将聚焦于新生儿重大疾病、专病、危重复杂疾病的诊治与研究。

2024年5月，复旦大学附属儿科医院大器官移植中心成立。

2025年3月，国家儿童医学中心、复旦大学附属儿科医院推出全新升级版“DS-小布医生2.0”系统，通过DeepSeek本地化部署和应用，实现医疗服务全链路的智能升级。这是国内首个实现“诊前-诊中-诊后”全流程人文服务的医疗AI系统，可为患者提供更精准的个性化诊疗方案。3月27日，复旦大学附属儿科医院与香港大学李嘉诚医学院临床医学学院儿童及青少年科学系签署合作备忘录。4月21日，复旦大学附属儿科医院与复旦大学附属中山医院举行儿科同质化建设合作协议签署及揭牌仪式。4月29日上午，锦州市妇婴医院（妇幼保健院）与复旦大学附属儿科医院在上海签署了技术扶持合作协议。

医院设有儿内科（新生儿、呼吸、消化、血液、肾脏风湿、神经、内分泌、免疫、遗传等）、儿外科（普外、泌尿、骨科、新生儿外科、肿瘤、神经外科）、心血管中心、感染传染科、重症医学科、麻醉科、中医科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、皮肤科、口腔科、儿保科和康复科等45个临床专业医技科室。其中新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理、新生儿、外科、心血管、传染病等是国家重点临床科室。

2020年9月8日，该集体获得中共中央、国务院、中央军委授予的“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”的荣誉称号。 [6]

2020年9月29日，被评为上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2021年10月，被授予“2021年上海市五一劳动奖状”称号。