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1935年5月18日，国立中央大学奉令开始筹建医学院和附设医院，戚寿南担任中央大学医学院附设医院（现东南大学附属中大医院）首任院长。1937年抗日战争爆发，医院迁往成都，并与齐鲁、华西两校联合建立“三大学联合医院”。1946年，医院迁回南京；1958年7月，医院移交铁道部；1949年至1958年，医院先后进行6次更名；2000年4月14日，南京铁道医学院与东南大学合并成立新的东南大学，医院更名为东南大学附属中大医院。2014年3月，医院通过三级甲等综合医院复核评审。2024年9月，东南大学附属中大医院与东南大学器官芯片研究院战略合作启动仪式在中大医院举行。

1935年-1948年，中央大学医学院附设医院。

1949-1950年，南京大学附属医院

1951-1952年，中国人民解放军华东军区军医学院附属医院。

1952-1953年，中国人民解放军第三军医学院附属医院。

1953-1954年，中国人民解放军第五军医大学附属医院。

1954-1958年，中国人民解放军第84陆军医院。

1958-2000年，南京铁道医学院附属医院。

2000年，东南大学附属中大医院。

2024年9月，东南大学附属中大医院与东南大学器官芯片研究院战略合作启动仪式在中大医院举行。

2025年1月，东南大学附属中大医院新一届学术委员会成立。

2025年3月，东南大学附属中大医院江北心脏中心成立。

2025年3月，东南大学附属中大医院肝脏肿瘤多学科诊疗联盟成立。

医院开放床位2499张，拥有64层CT、3.0TMRI、7.0TmicroMRI、平板DSA、直线加速器、数字化乳腺机等医疗设备。

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2020年11月，被评为江苏省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2021年12月15日，入选全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰名单。

2024年11月16日，复旦版《2023年度中国医院综合排行榜》《2023年度中国医院专科声誉排行榜》在上海发布，东南大学附属中大医院被评为A++等级，东南大学附属中大医院的放射科排名全国第五、重症医学排名全国第二。

2025年3月24日，人力资源社会保障部、国家卫生健康委、国家中医药局、国家疾控局发布《人力资源社会保障部 国家卫生健康委 国家中医药局 国家疾控局关于表彰全国卫生健康系统先进集体、先进工作者及“白求恩奖章”获得者的决定》，其中，东南大学附属中大医院入选全国卫生健康系统先进集体表彰名单。

2025年4月，东南大学附属中大医院介入与血管外科团队再次突破医学技术壁垒，采用国际前沿的STABILIZE（支架辅助球囊诱导内膜破裂和再分层）技术，为一名复杂主动脉夹层合并巨大假腔瘤患者实施高难度介入治疗。