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医院在重大公共卫生事件中表现突出，获“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”“全国文明单位”等国家级荣誉。作为首批肿瘤多学科诊疗试点医院，在肝脏疾病诊治、器官移植、儿童发育行为等领域处于国内领先地位，成立儿童医学中心、神经免疫与健康长寿研究中心等特色专科平台。近年引进手术机器人、PET-CT等先进设备，推进智慧医院建设，获评国家5G医疗应用示范单位。

医院承担国家级科研项目170余项，近五年科研经费超7.5亿元，主办《Liver Research》等核心期刊。作为中山大学主要教学基地，拥有51个临床医学硕士点、41个博士点，培养了大批医学人才。2025年入选广东省首批免陪护照护试点单位，持续提升医疗服务品质。

2024年6月28日，中山大学附属第三医院儿童医学中心成立。12月18日，中山大学附属第三医院隆重举行尿毒症防治中心成立。12月28日，中山大学附属第三医院伤口造口医学中心正式揭牌。

2025年2月15日，中山三院神经免疫与健康长寿研究中心正式揭牌成立。

2025年3月29日，中山大学附属第三医院神经调控中心正式成立。

2025年4月，入选为广东省省级首批提供免陪照护服务试点医疗机构。

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2004年5月，荣获广州市2003年无偿献血先进集体。

2020年9月8日，该集体获得中共中央、国务院、中央军委授予的“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”的荣誉称号。

2021年4月，中山大学附属第三医院抗击新冠肺炎疫情护理团队被授予全国五一巾帼标兵岗荣誉称号。

2021年6月，中山大学附属第三医院感染科党支部被授予“广州市先进基层党组织”称号。

2023年12月，被命名为2023年度广州市健康促进医院。

2024年6月28日，荣获2024年度健康科普贡献奖。

2025年5月23日，荣获“第七届全国文明单位”称号。