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医院本部位于杨浦区长海路，虹口院区位于虹口区东江湾路，下辖62个临床科室，展开床位2700余张。拥有牵头建设国家重点学科6个、参与建设国家重点学科9个，国家临床医学研究中心1个、国家临床重点专科14个、全军专科中心（所）16个，中国工程院院士3名。在烧创伤救治、消化系统疾病诊治、泌尿系统疾病诊治、心脑血管及大血管内外科诊治、全器官及造血干细胞移植和中西医结合治疗肿瘤等方面，具有领先水平和雄厚临床综合实力。

上海长海医院位于东海之滨、黄浦江畔，创建于1949年7月，始称华东军区人民医学院附属医院，1951年7月改称第二军医大学附属医院，1958年9月建制为第二军医大学第一附属医院，2017年建制为海军军医大学第一附属医院，经过70年的建设发展，已经成为一所学科门类齐全、医疗特色鲜明、综合实力强劲的现代化大型综合性医院。

医院占地23.4万平方米，建筑面积68万平方米，医院下辖57个科室，展开床位2100张，1993年医院首批评为三级甲等医院，1999年荣膺“全国百佳医院”称号，先后被评为全国“支援西部地区医院工作先进单位”，全军“思想政治建设先进单位”、“医院文化建设先进单位”、“为部队服务先进医院”、“创先争优全军试点单位”，连续17届被评为“上海市文明单位”，在上海市医疗行业“万人问卷调查”中连续6年位居上海市第一。

2025年11月14日，上海长海医院细胞治疗中心正式揭牌。

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医院医疗服务特色鲜明，拥有亚洲一流水平的门急诊大楼，全球最先进的达芬奇手术机器人，综合技术最先进的消化内镜诊疗中心，沪上首台640层动态容积CT、新型PET/MR核磁影像设备和立体定向、射波刀、直线加速器等放射治疗设备。自主研发的室间隔缺损封堵器、定位遥控胶囊内镜机器人等赢得世界喝彩，服务百万患者。

医院学科人才积淀丰厚，现有中国工程院院士3名，专家教授300余名，一级教授4名，二级教授2名，三级教授7名，博士生导师90名，硕士生导师130名，包括3名中国工程院院士，3名上海市十大科技精英，11名上海市领军人才，12名中华医学会主任、副主任委员。

医院始终坚持“救死扶伤，服务军民”优良传统，先后组织100多支医疗深入西藏、新疆、宁夏、四川等边远艰苦地区对口帮扶，在上海世博安保、上合峰会、亚信峰会、城市地铁核化生反恐演习等重大活动，以及“11.15”特大火灾、“6·22”枪击案、“8.2”昆山工厂爆炸、“8.12”天津港特大爆炸事故等应急救援中，展示了过硬的卫勤保障能力和创伤救治能力。进入新时代以来，医院以强军目标为统揽，助力海军战略转型，聚焦打造深蓝特色，不断提升保障打赢能力，出色完成亚丁湾护航、和谐使命军事外交、援非抗击埃博拉疫情等重要军事任务。在新冠肺炎疫情中，先后承担驰援武汉、服务部队、定点收治、支持驻地、入境隔离、境外援助6项任务，赢得国际与社会广泛好评。