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该院前身为1929年建于南京的国民政府中央医院，1941年迁至重庆，1950年更名西南医院，1975年成为第三军医大学第一附属医院，2017年转隶陆军军医大学。2020年获评重庆市拥政爱民模范单位，2023年发起成立重庆市沙坪坝区国际语言脑机接口联合研究院，2025年8月影像诊断门诊开诊，同年11月承办第六届亚洲-大洋洲神经病理大会，会议以"跨越海洋，连接智慧：共绘神经病理新蓝图"为主题，吸引16个国家和地区的300余位专家学者参会。医院多次组建医疗专家组赴埃塞俄比亚执行援助任务。

前身系国民政府中央医院，1929年建于南京，1941年迁至重庆，1949年由西南军政委员会接管，1950年命名为西南医院，1975年改称第三军医大学第一附属医院，2016年转隶军委训练管理部，2017年转隶陆军,为陆军军医大学第一附属医院。

2023年11月18日，陆军军医大学第一附属医院/西南医院（康复医学科）等单位协同发起的重庆市沙坪坝区国际语言脑机接口联合研究院成立。

2025年8月，西南医院影像诊断门诊开诊。

2025年11月13日，医院承办第六届亚洲-大洋洲神经病理大会暨第二十三届全国神经病理读片讨论会，会议以"跨越海洋，连接智慧：共绘神经病理新蓝图"为主题，吸引16个国家和地区的300余位专家学者参会，通过专题研讨及读片会推动神经病理科研成果临床转化。

医院多次组建医疗专家组赴埃塞俄比亚执行援助任务。

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2020年11月7日，获得重庆市拥政爱民模范单位称号。

重庆市沙坪坝区新桥街道高滩岩正街29号