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馆藏以文理科专业书籍为基础，涵盖古籍12万册（含善本1354种）、晚清民国教材3500余册及鲁迅等现代作家初版本著作，5批20种古籍入选《国家珍贵古籍名录》。2009年获评全国古籍重点保护单位，特藏保护与研究中心收藏《四库全书》等古籍影印丛书，近代文献近6万件。

全馆总面积达32967.76平方米，设有办公室、资源建设部、信息技术部、信息研发部、读者服务部等九部一室一中心。

随着文献的逐步积累，图书馆已形成其馆藏的特色：

1.文理科专业图书种类齐全，基本能满足学校教学科研需要。

2.上海地方史资料较为完备。如上海郊县的府、乡、镇志和类志，上海近现代的政治、历史、经济、文化、教育等方面的资料，都比较丰富，上海地区历史人物的诗文集收藏亦较齐全，其中如稿本《二十六保志》、清季沧苇藏钞本《水利集》，均为珍贵资料。

3.我国现代作家著译作品收藏比较丰富。如鲁迅、郭沫若、老舍、巴金的著作，馆藏占其全部著作的95%左右，其中不少作品系初版本。“五四”至建国前的主要文学刊物有近200种，大都采集完整。鲁迅主编的刊物收藏基本齐全。

4.馆藏地方志1800多种，古典丛书1500多种，善本珍本书5800余种。各种目录索引2000余种。

5.馆藏中小学教材及教学参考资料较为丰富，且有一定特色，其中包括一定数量的国外中小学教材与教学参考资料。