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新疆维吾尔自治区博物馆于1959年正式成立，原馆初步设计是农业展览馆，为山字形平房建筑，1962年迁至现址改为博物馆并对外开放。“新疆维吾尔自治区博物馆”馆名是老一代革命家朱德委员长1959年来新疆视察工作时为题写的。2005年新馆建成，建筑面积17288平方米，地下一层、地上二层，主体高18.5米，该馆科研工作以馆藏文物为重点。2022年5月18日，新疆维吾尔自治区博物馆二期场馆建成投用，新疆博物馆迈入“双馆时代”。

2008年被评为“国家一级博物馆”。2023年5月18日，新疆维吾尔自治区博物馆原创《新疆历史文物展》荣获第二十届（2022年度）全国博物馆十大陈列展览精品推介特别奖。

1953年，新疆维吾尔自治区博物馆前身农业展览馆筹备，初步设计为山字形平房建筑。

1959年，新疆维吾尔自治区博物馆正式成立。

1962年，新疆维吾尔自治区博物馆迁至乌鲁木齐市西北路132号改为博物馆并对外开放。

1963年10月1日，新疆维吾尔自治区博物馆正式开馆。

2005年9月20日，新疆维吾尔自治区博物馆新馆建成开馆。新馆建筑面积17288平方米，地下一层、地上二层，主体高18.5米，玻璃穹顶顶标高29.5米，建筑平面基本呈“一”字型平面对称布局，具有西域风格和新疆地方特色。

2008年5月18日，被国家文物局评为首批国家一级博物馆。

2022年5月18日，新疆维吾尔自治区博物馆二期场馆建成投用，新疆博物馆迈入“双馆时代”。新场馆投用后，文物保管、保护区域面积从原来的3000平方米增加到1.16万平方米；陈列展览区域面积从原来的6178平方米增加到1.13万平方米。

2023年4月，新疆博物馆一楼将设立“国博厅”，也是中国国家博物馆首次在新疆设立“国博厅”，作为中国国家博物馆固定举办文物、文化和艺术类展览的专用场地。

2023年6月2日，国家博物馆和新疆维吾尔自治区文化和旅游厅共同设立的“国博厅”在新疆维吾尔自治区博物馆揭牌。

2023年7月28日，新疆维吾尔自治区博物馆“故宫厅”揭牌。这是故宫博物院首次在院外常设举办精品展览的专业展厅。当日，举行“盛世琳琅——故宫博物院藏清代宫廷玉器展”首展开幕式。

馆内布局

新疆维吾尔自治区博物馆的展厅共8个，300平方千米的展厅两个，并有相应的办公、接待、放映、商店、学术报告厅等。在平面布局中以中厅为交通枢纽组织了10个展厅及相应的其他部分。展厅为两层，层高为5.5米至6.5米，用以适应不同类型的展出。纵向展厅中间有两层通高的长廊，供疏散和休息用。带玻璃圆顶（直径为18m）的中央大厅也可用于一些集会。

场馆设计

展出内容分历史馆、民俗馆、古尸馆、革命历史馆和其他专题馆，是一个综合性的博物馆。新馆为框架结构，基本采用人工照明，只作了一部分带反射板和分光格栅的边窗作为辅助照明。冬、夏全部使用中央空调系统，另外现代化博物馆所必需的监控系统、智能管理系统也都比较齐全。

新疆维吾尔自治区博物馆科研工作以馆藏文物为重点。在泥塑俑像的修复与复制，古尸处理与保护，以丝网加固法修复残破的栽绒鞍毯(76×74厘米)，以自建传统小窑复制陶器，揭裱古代书画等方面都已取得不同程度的效果。在古代丝织品研究方面突破了前人“唐代纬锦”说的局限，对唐代印染工艺，尤其是久已失传的“夹缬”工艺作了恢复并使之再现。在回鹘文文献与吐鲁番出土汉文文书的整理研究方面，都取得了引人注目的成就。

科研人员(包括与外单位人员合作)完成的论著先后分别在全国或自治区专业刊物或结集发表，有的以专著问世，其中有的论著曾分别获1983年自治区哲学社会科学不同等次的优秀成果奖。代表书籍有：《丝绸之路──汉唐织物》、《新疆出土文物》、《吐鲁番出土文书》(录文本，共10册)、《回鹘文弥勒会见记》(1)、《新疆维吾尔自治区博物馆》等。