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清宣统二年（1911年）7月，云南图书馆改名为“云南图书兼博物馆”。民国十八年（1929年）7月，“云南图书兼博物馆”一分为二，博物馆迁往昆明文庙，改名为“云南博物院”。1959年春，“云南博物院”更名为“云南省博物馆”。2009年5月，云南省博物馆新馆开馆。云南省博物馆主楼七层，两翼三层，宝塔式建筑，通高40余米。云南省博物馆拥有六大基本陈列讲述了从古至今云南大地的悠久历史，专题展览展示了云南省博物馆藏的精品瓷器。截至2022年末，云南省博物馆藏品有230303件/套，珍贵文物14337件/套，开展社教活动99场次，举办陈列展览30场。汇集了青铜器、古钱币、陶瓷器、古书画、碑贴、邮票及各类工艺品共计20余万件（套）文物藏品。

2008年，云南省博物馆被国家文物局评为首批国家一级博物馆。

清宣统二年（1910年），昆明人何秉智、康学文、杨煦从京师大学堂博物专业毕业后，回到云南图书馆工作。他们想在云南建设一个自己的博物馆，于是，云南图书馆在馆内开办博物实习科，面向全省招收两年制的博物专科学生。

清宣统二年（1911年）7月，云南图书馆的博物馆工作初具规模，在馆内成立云南博物馆，云南图书馆改名为“云南图书兼博物馆”。

民国十八年（1929年）7月，“云南图书兼博物馆”一分为二，博物馆迁往昆明文庙，改名为“云南博物院”。

1951年8月，云南省政府把博物馆筹建工作列为重点，成立了云南省博物馆筹建委员会。

1959年春，“云南博物院”正式更名为“云南省博物馆”，办公地点先后辗转于圆通寺、圆通山接引殿和连云宾馆。同年，原昆明军区在五一路建成了人们称为苏式、实为欧式的昆明军事博物馆，主要展出枪炮等武器装备。

20世纪60年代初，周恩来总理、陈毅副总理兼外交部长出访缅甸后到云南，看了云南军事博物馆后，认为中国已有中国军事博物馆了，每一个省不一定都建军事博物馆，指示改为地方性的综合历史博物馆，由此该博物馆改为云南省博物馆。

1965年，云南省博物馆从连云宾馆搬到五一路。

2008年5月18日，云南省博物馆被国家文物局确定为首批国家一级博物馆之一，并对外永久性免费开放。

2009年5月1日，云南省博物馆新馆昆明市官渡区广福路6393号开工建。

2015年5月18日，云南省博物馆搬迁到昆明市官渡区广福路6393号，新馆正式开馆。

2024年1月26日，云南省博物馆“数字技术创新中心”正式揭牌，旨在深入实施国家文化数字化战略、提升云南省数字文旅的创新能力、提高云南省博物馆文物的数字化水平。

2025年3月17日，入选国有公益性收藏单位名单（第一批）。

2025年4月24日，“百年欧洲艺术”展将在云南省博物馆盛大开幕。

云南省博物馆占地面积150亩、建筑面积6万平方米、展厅面积达16500平方米。云南省博物馆是一座主楼七层，两翼三层的宝塔式建筑，通高40余米。大楼一至三层为展厅，面积共4200平方米，前面是12根合抱粗的圆形大柱，屋顶金色刹杆，气势雄伟，造型别致。

云南省博物馆拥有六大基本陈列《远古云南——史前时期的云南》《文明之光——青铜时代的云南》《南中称雄——东汉至魏晋时期的云南》《妙香佛国——唐宋时期的云南》《开疆戍边——元明清时期的云南》《风云百年——近现代时期的云南》讲述了从古至今云南大地的悠久历史；专题展览《窑火斑斓——云南省博物馆陶瓷精品展》展示了云南省博物馆藏的精品瓷器；位于一楼的4个临时展厅常年展出不同的精彩展览。

原创方面

云南省博物馆打造的“妙想秘境”展览，囊括了云南省博物馆以及云南各州市的佛教文物珍品，成为博物馆展示云南厚重历史文化的“头盘菜”；“茶马古道”“国宝盛宴”等展览，由云南省博物馆联合国内其他省份的兄弟博物馆举办，让市民足不出户就能欣赏省外的历史文化宝物；国际方面，近年来云南省博物馆陆续从法国引进的古罗马雕塑、学院派油画展，从奥地利引进的茜茜公主展，从比利时引进的非洲面具展，从捷克引进的穆夏展。

社教活动

云南省博物馆打造了“化石猎人营地”，每个假期的“小小讲解员”以及各类夏令营活动，拥有一大批忠实的粉丝。

媒体展示

云南省博物馆不仅有官方网站的宣传媒介，还有微信公众号、官方微博、喜马拉雅、今日头条等新媒体平台，在中央及省、市级媒体开设专栏开展长期合作，着力宣传展览、活动、藏品。央视的《国家宝藏》《如果国宝会说话》《国宝大会》、国家地理《寰行中国》等节目，都出现云南省博物馆的身影。

2007年5月18日，云南省博物馆《滇国——云南青铜文明陈列》荣获“第七届全国博物馆十大陈列展览精品奖”。

2007年，云南省博物馆被国家文物局授予“全国文化遗产保护工作先进集体”称号和列为“全国十五家重点博物馆”之一。

2008年，云南省博物馆被国家文物局评为首批国家一级博物馆。

2016年，云南省博物馆《茶马古道——八省区文物特别展览》荣获“第十三届全国博物馆十大陈列展览精品奖”优胜奖。